ICS07.080 CCSA40 中华人民共和国国家标准 GB/T46935—2025 单细胞测序 单细胞转录组数据集 Single-cellsequencing—Datasetofsinglecelltranscriptome 2025-12-31发布 2026-07-01实施 国家市场监督管理总局 国家标准化管理委员会发布目 次 前言 Ⅲ ………………………………………………………………………………………………………… 1 范围 1 ……………………………………………………………………………………………………… 2 规范性引用文件 1 ………………………………………………………………………………………… 3 术语和定义 1 ……………………………………………………………………………………………… 4 符号和缩略语 2 …………………………………………………………………………………………… 4.1 符号 2 ………………………………………………………………………………………………… 4.2 缩略语 2 ……………………………………………………………………………………………… 5 数据及数据文件要求 3 …………………………………………………………………………………… 5.1 数据文件组成 3 ……………………………………………………………………………………… 5.2 数据文件要求 3 ……………………………………………………………………………………… 6 数据元目录 5 ……………………………………………………………………………………………… 6.1 属性 5 ………………………………………………………………………………………………… 6.2 数据元目录公用属性 5 ……………………………………………………………………………… 6.3 数据元目录专用属性 5 ……………………………………………………………………………… 7 数据归档目录 6 …………………………………………………………………………………………… 7.1 数据归档目录结构 6 ………………………………………………………………………………… 7.2 单细胞数据归档目录要求 6 ………………………………………………………………………… 8 数据安全管理 7 …………………………………………………………………………………………… 8.1 基本要求 7 …………………………………………………………………………………………… 8.2 单细胞转录组数据分级分类原则 7 ………………………………………………………………… 8.3 单细胞转录组数据集的分级分类方式 7 …………………………………………………………… 8.4 单细胞转录组数据集的管理方式和完整性分级关系 8 …………………………………………… 附录A(资料性) 数据元目录 9 …………………………………………………………………………… A.1 简介 9 ………………………………………………………………………………………………… A.2 实验信息 9 …………………………………………………………………………………………… A.3 建库测序信息 10 …………………………………………………………………………………… A.4 生物信息分析 11 …………………………………………………………………………………… A.5 质控信息 13 ………………………………………………………………………………………… 附录B(资料性) 数据元值的范围代码表 16 ……………………………………………………………… B.1 文库构建策略代码 16 ………………………………………………………………………………… B.2 分子类型代码 17 ……………………………………………………………………………………… B.3 是否代码 18 …………………………………………………………………………………………… B.4 文件类型代码 18 ……………………………………………………………………………………… B.5 文库设置代码 18 ……………………………………………………………………………………… ⅠGB/T46935—2025 B.6 文库来源代码 18 ……………………………………………………………………………………… 参考文献 20 …………………………………………………………………………………………………… ⅡGB/T46935—2025 前 言 本文件按照GB/T1.1—2020《标准化工作导则 第1部分:标准化文件的结构和起草规则》的规定 起草。 请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别专利的责任。 本文件由全国生化检测标准化技术委员会(SAC/TC387)提出并归口。 本文件起草单位:深圳华大生命科学研究院、中国测试技术研究院生物研究所、杭州华大生命科学 研究院、中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)、中山大学、武汉华大生命科学研究院、青岛 华大智造科技有限责任公司、广州基迪奥生物科技有限公司、西北农林科技大学、中国科学院武汉植物 园、深圳裕策生物科技有限公司、菁良科技(深圳)有限公司、上海百英生物科技股份有限公司、苏州绘真 医学检验有限公司、江西烈冰生物科技有限公司、杭州联川生物技术股份有限公司、苏州百源基因技术 有限公司、圣湘生物科技股份有限公司、利德健康科技(广州)有限公司。 本文件主要起草人:麻凯龙、魏晓锋、徐志成、周李华、游丽金、王伟文、刘石平、王博、谢志、鲍一明、 宋述慧、刘姗姗、张少桥、李涛、周煌凯、姜雨、石涛、高志博、李小强、李玲、徐晓凯、杨涛、华聪、王志杰、 杨帆、吴静静、吴昊、李倩一、李菁华、林木飞、卢海松、宗杰、张惠丹、韩斐然、杨丽、车团结、车妍、张峰。 ⅢGB/T46935—2025 单细胞测序 单细胞转录组数据集 1 范围 本文件规定了单细胞转录组数据及数据文件要求、数据元目录、数据归档目录和数据安全管理的 要求。 本文件适用于组学数据中有关单细胞转录组数据的存储、管理、交换和共享。 2 规范性引用文件 下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中,注日期的引用文 件,仅该日期对应的版本适用于本文件;不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于 本文件。 GB/T43705 科学数据安全分类分级指南 GB/T43708 科学数据安全要求通则 GB/T43710 科学数据安全审计要求 3 术语和定义 下列术语和定义适用于本文件。 3.1 FASTQ格式 FASTQformat FASTQ是基于文本的、保存生物序列(通常是核酸序列)和其测序质量信息的、每四行表示一条序 列的标准格式。 [来源:GB/T35890—2018,3.9] 3.2 Q20 测序数据中,碱基识别质量值为20的碱基识别准确率为99%,或错误率为1%。 [来源:GB/T40226—2021,3.5] 3.3 Q30 测序数据中,碱基识别质量值为30的碱基识别准确率为99.9%,或错误率为0.1%。 [来源:GB/T40226—2021,3.6] 3.4 项目 project 为实现特定科学目标而系统规划执行和管理的综合性研究。 3.5 生物样本 sample 从生物体中采集用于科学研究的生物材料及其衍生物。 1GB/T46935—2025 3.6 测序 sequencing 测定氨基酸或核苷酸序列的过程。 [来源:GB/T29859—2013,2.4.13] 3.7 测序实验 sequencingexperiment 通过特定技术手段确定生物分子中碱基排列顺序的标准化操作流程。 注:包括生物样本建库、测序等。 3.8 测序数据 sequencingdata 测序产生的数据文件。 3.9 测序通道 lane 在基于测序芯片载体的高通量测序平台中,通过物理结构分隔形成的、能够独立进行测序反应的最 小物理单元。 3.10 基因表达矩阵 geneexpressionmatrix 记录特定基因在特定细胞中的表达水平,并以行为基因,列为细胞的结构化数据文件。 3.11 元数据文件 metadatafile 以制表符分隔存储细胞水平注释的结构化文本文件。 3.12 聚类文件 clusterfile 通过聚类算法对单细胞转录组表达矩阵进行分组后生成的标准化数据文件。 3.13 基因列表文件 genelistfile 包含基因名称和基因ID的制表符分隔的文本文件。 3.14 宿主数据 hostorganismdata 为其他生物提供生存环境和资源的生物体样本测序数据。 4 符号和缩略语 4.1 符号 下列符号适用于本文件。 DT:日期时间型 N:数值型 S:字串型 4.2 缩略语 下列缩略语适用于本文件。 cDNA:互补脱氧核糖核酸(complementarydeoxyribonucleicacid) MD5:信息摘要算法(messagedigestalgorithm5) 2GB/T46935—2025